Le pélodyte ponctué présente une coloration de fond des parties supérieures verdâtre, brunâtre ou grisâtre, marqué par des ponctuations irrégulières de couleur verte, au niveau des verrues. Les membre sont marqués par des bandes vertes. Le ventre est  blanchâtre à jaunâtre, uniforme ou rarement tacheté. L'aspect général est élancé, le museau est long et arrondi. La pupille est verticale et l'iris est doré dans sa partie supérieure et brun dans sa partie inférieure. Le tympan et les glandes parotoïdes sont très discrètes. Les membres sont longs et fins. Les mâles reproducteurs développent des callosités nuptiales brunes. Le sac vocal est interne.

Le Pélodyte ponctué est présent du niveau de la mer jusqu'à 1 600 m d'altitude dans les Alpes et les Pyrénées. L'espèce est assez généraliste et fréquente divers biotope comme  les boisements, les terres cultivées (terrains labourés, vignobles, jardins, vieux murs), des prairies humides, mais également des terrains secs pourvu de caches ou d'un substrat suffisamment meuble pour être creusé. Dans les régions littorales, le Pélodyte fréquente les formations très ouvertes comme les éboulis, les plages de graviers ou de sable, zones de carrières etc. Pour se reproduire, l'espèce privilégie les milieux ouverts  avec des points d’eau temporaires bien exposés au rayonnement solaire et pauvres en poissons. Il est tolère une eau légèrement saumâtre. En période d’hivernage, il s’enfouit dans le sol ou trouve de quoi s’abriter en s’installant sous des pierriers, des galeries de micromammifères ou encore des grottes.

La période d'activité du Pélodyte ponctué s'étend de mi-février à novembre. La période de reproduction s'étend de mi-février à avril, rarement jusqu’en mai. Les mâle chantent souvent en cœur dans l'eau et adoptent une position verticale caractéristique. L'amplexus est de type lombaire. Une femelle produit jusqu'à 1 600 œufs au cours d'une année. La ponte est un amas d'une dizaine à une centaine d’œufs fixée en spirale sur un support immergé.