La France métropolitaine rassemble environ 6 000 espèces de Trachéophytes (Ptéridophytes, Gymnospermes, Chlamydospermes et
Angiospermes) indigènes et près de 4 000 espèces indigènes naturalisées (introduites volontairement ou non et se comportant comme des plantes indigènes), subspontanées (échappées de cultures mais
ne se propageant pas) et accidentelles (apparaissant spontanément mais de manière sporadique), soit environ 10 000 espèces de plantes vasculaires. A cela s'ajoute environ 2 900 espèces de
plantes non vasculaires avec près de 900 espèces de mousses, environ 300 espèces d'hépatiques et pas moins de 1 700 espèces d'algues rouges et vertes. (Sources : Institut National du
Patrimoine Naturel ( INPN))
Pris au sens large les bryophyta regroupent trois embranchements de plantes terrestres qui ne possèdent pas de vrai système vasculaire : les Hepaticophyta, les Anthocerotophyta et les Bryophyta.
L'embranchement des Bryophyta ne concerne que les mousses au sens strict. Ce sont des végétaux dont la structure est simple, peu d'organes sont clairement différenciés, on parle d'une structure « thalloïde ». Les feuilles sont simples (une à trois couches de cellules) et avec des stomates. La tige ne possède pas de tissus conducteurs comparables à ceux des plantes à graines (Spermatophytes) ni même des fougères. Il n'y a pas de racines mais des rhizoïdes servant à l'ancrage. Les Bryophyta se développent par division d'une seule cellule à l'extrémité de chaque organe végétatif ou reproducteur.
Les Tracheophyta ou Tracheobiontes, appelées aussi plantes vasculaires associent différentes divisions : les Lycophyta (isoëtes, lycopodes et sélaginelles), les Monilophytes (fougères et prêles), les Gymnospermes (Conifères, Cycas, Gingko, etc.) et les Angiospermes (plantes à fleurs). Les caractères principaux sont l'existence de racines et la présence de vaisseaux assurant la circulation de la sève.
Les ptéridophytes sont des plantes vasculaires (présentant xylème et phloème) ne produisant ni fleurs ni graines. Ce sont donc des cryptogames vasculaires.
La classe des Lycopodiopsida forment le groupe le plus primitif des plantes vasculaires actuelles. Ce sont des végétaux à ramification dichotomes (division en forme de "Y"), avec notamment un rhizome ou rhizophore basal dichotomiquement divisé. Leurs feuilles sont sessiles. Il s'agit de végétaux homosporées ou hétérosporés. L'étude des genres fossiles primitifs démontre que les coiffes de leurs racines sont apparues plus tardivement que chez les autres plantes vasculaires (Euphyllophyta) et a permis d'établir que les racines des lycophytes sont une évolution convergente à celle des autres Tracheophytes. Les racines sont donc apparues deux fois dans l'évolution des plantes vasculaires. Composées de grands arbres durant l'ère Primaire, les Lycophytes actuels ne comprennent que des plantes herbacées et rassemblent environ un millier d'espèces, au sein de 3 ordres : les Isoëtales, les Lycopodiales et les Selaginellales.
L'ordre des Lycopodiales rassemble des plantes vivaces, toujours autotrophes, à racine dichotomiques. Les fructifications (sporanges) sont toutes semblables (sans différenciation sexuelle), en forme de sac, insérées sur la face supérieure des feuilles, le plus souvent formant dans leur ensemble un épi sporifère plus ou moins long. Les spores sont généralement de couleur jaune soufre et sont toutes semblables également (isosporie).
Les Filicophyta regroupe l'ensemble des fougères. Du point de vue morphologique, le sporophyte des fougères présente une assez grande diversité. Certaines espèces arborescentes peuvent dépasser 20 m de hauteur et leur stipe ne présente pas de croissance secondaire en épaisseur. Le gamétophyte est une génération indépendante, qui prend la forme d'une lame aplatie de taille réduite, appelée prothalle et qui disparaît au cours de la croissance du sporophyte. La plupart des fougères actuelles sont isosporées, c'est-à-dire que le sporophyte ne donne qu'une seule sorte de spores asexuées qui, après germination, produisent le prothalle asexué portant des organes reproducteurs sexués : archégone (femelles) et anthéridies mâles. De la fécondation des archégones naît le sporophyte. Le sporophyte produit des macrospores femelles, produisant des gamétophytes femelles porteurs d'archégones, et des microspores mâles, produisant des gamétophytes mâles porteurs d'anthéridies.
L'ordre des Polypodiales regroupe plus de 80 % des espèces de fougères.
La famille des Aspleniaceae regroupe environ 700 espèces de fougères dans le monde. Ce sont des fougères de taille souvent réduite, terrestres, rarement épiphytes. Les frondes sont simples et indivisées ou lobées ou 1-3-pennées, à vernation circinées ; les veines sont libres ou rarement anastomosées.
La famille des Polypodiaceae regroupe environ 1 000 espèces de fougères et près de 50 genres. Ce sont souvent des épiphytes ou épilithes. Elles sont le plus souvent présentes dans les forêts des régions chaudes ou tempérées et humides. Le rhizome est généralement rampant, rarement érigé, souvent ramifié, ce qui multiplie le nombre de rosettes de frondes. Ces dernières, généralement persistantes, sont simples, ou diversement découpées, et enroulées en crosse à l'état vernal (préfoliaison circinée).
Les Gymnosperma sont un sous-embrachement des Spermaphytes (plantes à graines). Ce sont des plantes ligneuses (arbustes, arbrisseau ou arbres) dont l'ovule est libre (non inclue dans un ovaire, contrairement aux Angiosperma) et porté par des pièces foliaires groupées sur un rameau fertile : le cône. Les fleurs sont toujours unisexuées. Les Gymnosperma sont particulièrement abondantes dans les régions froides où elles deviennent largement dominantes, grâce à diverses adaptations à la sécheresse et au froid : beaucoup possèdent des feuilles aciculaires ( « aiguilles » ), (limitent la surface d'évapotranspiration de la plante), la cuticule est épaisse, les stomates sont enfoncés dans des puits ou des sillons, en période hivernale on observe un endurcissement (fermeture des stomates, épaississement des tissus). La permanence du feuillage permet au printemps une assimilation rapide sans attendre le développement de nouvelles aiguilles, qui serait préjudiciable pour une saison végétative courte.
L'odre des Ephedrales, représenté par la famille des Ephedraceae rassemble environ 40 espèces du genre Ephedra dans le monde.
Les Ephedraceae sont des arbustes persistants, plus rarement des plantes herbacées vivaces, xérophytiques. Les tige ligneuses, souvent enterrée, porte des rameaux aériens opposés ou verticillés, grêles, souvent cassants aux nœuds où sont insérées deux, trois ou quatre feuilles réduites à des écailles engainantes. Les feuilles sont généralement rapidement caduques, et ne remplissent pas leur fonction photosynthétique. Les stomates sont haplochéiles (une seule paire de cellules, caractère primitif). Le bois comporte, en plus des trachéides aréolées typiques des Gymnospermes, des vaisseaux, éléments constitutifs du bois des Angiospermes. Le liber est constitué uniquement de tubes criblés, sans cellules compagnes. Les plantes sont généralement dioïques, plus rarement monoïques. L'inflorescence est généralement unisexuée, parfois hermaphrodite. Les fleurs mâles sont groupées en cônes solitaires ou fasciculés et axillaires. Les cônes femelles sont verticillés par 2-4 et axillaires. Chacun possède des bractées conniventes arrangées en 2-10 paires décussées ou verticillées par 3, devenant rouges et charnues à maturité. Les Ephedraceae contiennent un alcaloïde particulier, l'éphédrine.
Le groupe des Paléo-plantes rassemble des familles présentant des caractères archaïques, en particulier un pollen uniaperturé.
Les Magnoliides rassemble 4 ordres de plantes aromatiques, souvent ligneuses, à pollen uniaperturé ou parfois inaperturé : les Magnolales, les Laurales, les Cannellales et les Piperales.
Cette famille est considérée comme l'une des plus archaïque. Les Nymphaeaceae comprennent six genres : Nymphaea et Nuphar, de vaste répartition, Victoria spécifique de l'Amérique tropicale, Euryale et Barclaya, asiatiques et Ondinea, d’Australie. Ces genres regroupent environ 75 espèces. La famille doit son nom au genre Nimphaea, la "Nymphe des eaux", genre qui comprend une cinquantaine d'espèces. Toutes les Nymphaeaceae sont liorhizes (l'extrémité des racines s'exfolie totalement et l'assise la plus externe de l'écorce devient l'assise pilifère), ne possèdent pas de véritables vaisseaux conducteurs et toutes les espèces montrent des lacticifères articulés. Les fleurs sont solitaires, de grande taille, longuement pétiolées, s'épanouissant à la surface de l'eau. Celles de plusieurs Nymphaea se referme le soir, alors que la fleur de Victoria ne s'épanouit que la nuit. Le fruit est charnu et indéhiscent, cependant, dans l'eau, la pulpe mucilagineuse gonfle, et le fruit éclate, libérant les graines.
L'ordre des Piperales rassemble des plantes herbacées aromatiques, terrestres, à port dressé ou lianescent, apérianthées ou apétales.
Les Aristolochiaceae sont une famille de plantes regroupant 8 à 10 genres et environ 600 espèces (dont 500 pour le seul genre Aristolochia), réparties essentiellement dans les régions tropicales et chaudes. Ce sont des plantes herbacées, vivaces par des rhizomes, ou arbustives, ou encore lianescentes. Les feuilles sont alternes, simples, entières, à limbe développé et souvent cordiforme. Les fleurs sont soit solitaires, soit regroupées en cyme ou parfois en grappe. Le périanthe, bien développé est constitué de 3 sépales, presque toujours soudés en un tube pétaloïde plus ou moins allongé, en forme de cornet zygomorphe. Il n'y a alors plus de pétales. Le fruit est souvent une capsule à déhiscence septicide, rarement un follicule.
Les Monocotylédones sont des Angiospermes à un seul cotylédon ; mais surtout, leur pollen est uniaperturé comme chez les Paléo-plantes.
Ce sont les Monocotylédones essentiellement aquatiques, à grandes feuilles dont la nervation est réticulée, à fleurs souvent petites, parfois sans périanthe, et dont les carpelles sont indépendants, autant de caractères considérés comme ancestraux. Deux ordres constituent cet ensemble : les Acorales et les Alismatales.
L'ordre des Alismatales regroupe toute les autres familles archaïques des Monocotylédones, environ une quinzaine.
Les Alismataceae sont une famille cosmopolite qui rassemblent 13 genres et environ 90 espèces. Ce sont des herbes aquatiques ou subaquatiques, généralement vivaces par un rhizome, mais parfois des annuelles. Les feuilles partent de la base et sont immergées, aériennes ou flottantes. Un dimorphisme foliaire peut apparaitre en fonction de la hauteur de d'eau. Les feuilles constamment immergées sont rubanées et rectinerves, les feuilles aériennes présentent un limbe hasté ou sagitté (en fer de flèche) et les feuilles flottantes sont cordiformes ou elliptiques. La fleur est actinomorphe, hermaphrodite ou unisexuée, trimère et hypogyne. Le fruit est généralement un akène, exceptionnellement un follicule déhiscents par la base.
Butomaceae est une famille monospécifique avec Butomus umbellatus, grande herbe eurasiatique et introduite en Amérique du Nord. C'est un hélophyte vivace par un rhizome, à tige cylindrique dressée de 1m de hauteur, nue, avec, regroupées à la base, de grandes feuilles rubanées et tranchantes. L'inflorescence est une cyme ombelliforme. Les fleurs sont actinomorphes, hermaphrodites et trimères. La fructification est formée de 6 follicules pourpres.
Les Araceae constituent une très vaste famille, avec plus de 100 genres et au moins 2 500 espèces, essentiellement des régions tropicales et subtropicales. Il s'agit d'herbes pouvant atteindre de grandes tailles, et qui illustrent une grande variété de types biologiques (des plantes terrestres à port de phanérophytes lianescents, des géophytes et des hydrophytes flottantes ou pleustophytes ou enracinés). Les Araceae sont vivaces par des tubercules ou des rhizomes, et peuvent présenter aussi des racines aériennes adventives, ou absorbantes, ou encore des racines-échasses. On rencontre aussi des plantes plus petites, flottantes à la surface des eaux. Les feuilles sont radicales ou caulinaires, avec pétiole et gaine, simples ou comosées, penninerves ou palmatinerves. On constate la présence fréquente de raphides d'oxalate de calcium dans tous les tissus, des laticifères, des canaux à résine, des cellules à mucilage et des cellules à essence. L'inflorescence est un épi renflé serré, nommé spadice, entouré d'une spathe foliacée. Les fleurs sont généralement hermaphrodytes ou monoïques, exceptionnellement distiques. Le fruit est souvent une baie charnue, plus rarement un akène.
Ces Monocotyledones présentent des éléments foliacés généralement angustifoliés, à nervation parallèle. Deux ensembles se séparent : "Liliiflores" et Commelinides.
Ce groupe rassemble les monocotylédones supérieures à fleur de grande taille ; périanthe constitué de tépales à peu près identiques ; vaisseaux absent ou imparfaits et en général et albumen protéagineux ou à chaînes d'hémicellulose.
L'ordre des Liliales regroupe les "Liliiflores" présentant une absence de spadice au niveau de l'inflorescence, une présence exceptionnelle de vaisseaux, une absence de raphides d'oxalate de calcium (en général) et un ovaire presque toujours supère.
Les Liliaceae au sens strict comprennent de 430 à 490 espèces de l'hémisphère nord, réparties en 10 ou 11 genres selon si on y intègre ou non le genre Calochortus (qui rassemble une soixantaine d’espèces nord-américaines). Ce sont des herbes vivaces, ici des géophytes à bulbes, avec parfois la base de la partie aérienne plus ou moins lignifiée. Les feuilles sont alternes, ou rarement opposées, rubanées. Les inflorescences sont souvent des grappes ou des cymes, plus rarement des fleurs solitaires. La fleur est régulière, bisexuée et hypogyne. Le fruit est une capsule à déhiscence généralement loculicide.
La famille des Melanthiaceae rassemble environ 20 genres et 180 espèces dans les régions tempérées. Ce sont des herbes vivaces, des géophytes à rhizome. Les feuilles sont alternes ou en verticilles avec en général, un nombre identique à celui des pièces florales. L'inflorescence est souvent un épis ou une grappe mais une fleurs solitaires chez les genres Paris, Scoliopus et Trillium. La fleur est régulière, bisexuée et hypogyne. Le fruit est souvent une capsule à déhiscence septicide mais c'est une baie chez Paris.
Les Smilacaceae sont une famille principalement représentée dans les régions tropicales et chaudes avec 2 genres, Smilax et Heterosmilax, et environ 311 espèces dont 300 pour le genre Smilax. Ce sont des plantes lianescentes ou à port d’arbrisseaux. Elles sont vivaces par un rhizome. L'appareil végétatif est parcouru par des vaisseaux parfaits et les racines sont mycorhizées. Les feuilles sont alternes, avec un limbe élargi présentant 3 à 7 nervures incurvées et convergentes vers la pointe. Les fleurs sont soit solitaires, soit en inflorescence axillaire ou terminale. Le fruit est une baie contenant un nombre variable de graines.
L'odre des Asparagales regroupe les "Liliiflores" présentant des vaisseaux, souvent, des raphides d'oxalate de calcium, un
ovaire supère ou infère, des fleurs bisexuées et des feuilles souvent angustifoliées.
Les Amaryllidaceae, ici isolée des Alliaceae, rassemblent 65 genres et environ 750 espèces des régions tropicales et chaudes d'Europe, d’Afrique et des Andes. Ce
sont des herbacées vivaces par un bulbe, plus rarement un rhizome (Clivia). Les feuilles sont plates, engainantes à la base, et habituellement glabres. L'inflorescence est terminale,
ombelliforme, formée en fait de cymes hélicoïdales condensées à l’aisselle d'une spathe membraneuse. Parfois il y a une fleur solitaire. La fleur est en générale régulière, bisexuée et trimère.
Le fruit est une capsule loculicide et parfois une baie.