Tortue de petite taille à carapace lisse et légèrement aplatie de couleur sombre, marquée de ponctuations ou de lignes jaunes tout comme les pattes, la tête et la queue. La coloration des individus est très variable. Le dimorphisme sexuel est marqué : à maturité, les femelles sont plus grosses que les mâles, leurs yeux sont jaunes et noirs tandis qu’ils sont rouge orangé chez les mâles (ssp. orbicularis seulement).

La Cistude d'Europe fréquente plusieurs types de milieux humides de plaine : étangs, rivières, milieux alluviaux, marais d’eau douce à légèrement saumâtre, mares permanentes et temporaires, canaux, tourbières, embouchures de fleuve, petits torrents. Bien qu'étant inféodée au milieu aquatique la Cistude d'Europe est capable d’importants déplacements terrestres (plusieurs kilomètres) lors de la recherche de sites de ponte, de la dispersion des mâles ou de l’assèchement de son milieu de vie. Les pontes sont déposées dans des milieux ouverts, non inondables et de nature sableuse, argilo-limoneuse, ou présentant un mélange de terre et de sable. Le recouvrement végétal des sites sélectionnés par les femelles varie beaucoup mais se limite généralement à une strate herbacée relativement rase afin de faciliter le creusement du nid. Pelouses sèches et prairies constituent des habitats particulièrement favorables pour la ponte mais les femelles peuvent déposer leurs œufs sur des digues d’étangs, des bords de route, des terrains urbanisés, des surfaces cultivées ou des chemins si elles ne trouvent pas de sites plus appropriés.

La Cistude d’Europe possède une phase de vie active, de février/mars à novembre/décembre, et une phase d’hivernation qui se déroule de novembre/décembre à février/mars dans les fonds vaseux des milieux aquatiques.

Le régime alimentaire de l’espèce est varié. La Cistude est une espèce opportuniste se nourrissant indifféremment d’invertébrés aquatiques, d’insectes tombés à l’eau ou de poissons blessés ou morts. Essentiellement carnivore en début de vie, l’espèce deviendrait omnivore à l’âge adulte. Les proies, chassées à l’affût ou recherchées dans la végétation aquatique, sont consommées dans l’eau. Contrairement à l’ouïe, la vue et l’odorat de l’espèce sont particulièrement développés.